Met de microarray technologie kunnen genexpressie niveaus van duizenden genen tegelijkertijd worden gemeten. De techniek omvat het isoleren van messenger RNA, het omzetten naar complementair DNA, het labelen met een fluorescente groep, en het hybridiseren op de microarray. De fluorescent gelabelde DNA moleculen binden hierbij aan het corresponderende gen op de array. Met behulp van een laserscanner worden de signalen van de microarray uitgelezen. De intensiteit van de signalen geeft informatie over het expressieniveau van elk gen op de array.
De microarray technologie wordt binnen het RIKILT voor diverse toepassingen gebruikt, onder andere voor het bestuderen van gezondheidseffecten van natuurlijke bioactieve inhoudsstoffen (nutrigenomics), effect-studies aan contaminanten en GGOs (toxicogenomics) en voor detectie toepassingen (o.a. GGO's, antibiotica resistentie genen en detectie van microorganismen in voeding). De microarray faciliteit van het RIKILT beschikt over de expertise en infrastructuur voor het hybridiseren en analyseren van Agilent arrays. Daarnaast worden ook in-house arrays geproduceerd. Deze in-house geproduceerde arrays worden onder andere gebruikt voor genexpressie studies aan aardappel en tomaat of detectie van microorganismen.